一天晚上欣赏别人的Nat。Comm .共篇，我来分析一下它的内在套路本质。

我活着的第1916天是和你一起科研。
闲话少说，快来学学酸菜的文章和套路。
“你的圈子好乱”这个梗终于从娱乐圈、金融圈传到了我们医疗圈。一夜之间，很多吃瓜群众都在问五篇SCI文章里的医学博士是什么样的学术水平？对于武汉的日日夜夜，连SCI这个概念都不知道的人来说，自然通讯发表一篇普通的文章有多难，会很抽象。
以我多年的科研经验，只能说大致达到了梅超风的武功水平，他修炼了九阴真经的一半。在医学博士的读书阶段，能够有这样的学术成就，也算是一等一的武林高手了，职业潜力无限。
站在高处，人们更喜欢看着自己倒下。其实我们并不排斥文章命名这种操作，只是不满这么好的事情怎么不能落在自己身上。
在多年的教学生涯中，我提到过医生科研的至高境界，就是别人给你发一篇爱的文章，学生听了会会心一笑，真的什么都用不上。昨天，在酸菜的朋友圈里，很多年轻医生都表示羡慕。当然，他们并没有充分评价自己的美貌，而男同胞们则普遍沉默，不敢表现出自己的不屑，因为他们实在没有实力发NAT.comm。
出于对这种能力的好奇，我下载了全文看了一遍。你一看，authors rank就知道这其实是和职业选手合作的文章。一个工作和交流都是中科院上海药物所和复旦大学附属中山医院内分泌科的，已经是圈内顶尖实力了。
剩下的就是湖北理工，上海交大，瑞金医院和密歇根大学安阿伯分校，侏罗纪世界3郭襄自然有存在感，可谓大富大贵。文章结构清晰，层次分明。在不缺资金的前提下，其实可以(随便说说，别信)。
背景知识
泛素是体内蛋白质重要的翻译后修饰，是调节蛋白质降解和维持细胞蛋白质稳态的关键机制。USP的全称是泛素特异性蛋白酶，即泛素特异性蛋白酶，是最重要的去泛素化酶。
首先需要说明的是，本文研究的疾病是脂肪肝，但这种研究模式在其他疾病中也是通用的。改变一个疾病无非是改变细胞动物模型和表型评价方法，不影响研究策略设计。
本文的主要变量是USP14元，通过组学高通量分析找到了USP14元的底物，揭示了其对脂肪肝中FASN蛋白稳定性的影响。USP是一个蛋白质家族，共有58元成员。既然USP14元能写出这样的文章，那其他USP蛋白是不是也可以照葫芦画瓢抄袭？
磷酸化、乙酰化、糖基化、sumo等其他蛋白质修饰形式呢？可谓层出不穷。
回归正文，数据为8元数字(不含补充材料)，内容可分为四部分。
图：密室逃脱：冠军争霸赛，Kramp-Karrenbauer和4是第一部分，从USP14元中筛选潜在底物靶分子。
第二部分是5，验证了USP14元与FASN的结合。
图1元、6元和7元是第三部分，过表达和沉默USP14元-阳性-阴性表型验证。
最后，图8元是第四部分，从USP14元中找到上游转录因子，定位LXR。
这是一篇高通量筛选三元变量的常规文章，包括两组分子相互作用(蛋白质Kramp-Karrenbauer蛋白质和蛋白质Kramp-Karrenbauer -DNA)。看看下面的数据：
一个
当我们要证明一种蛋白质(USP14元)与一种疾病(脂肪肝)的关系时，根据因果论证原理，需要观察因子与疾病的相关性(图1元)，证明上调因子可导致疾病(图6元)，下调因子可抑制疾病的发展(图7元)。图1元、图6元、图7元是最基本的操作，可以一扫而光。
无声USP14元能增强脂肪肝吗？搞什么鬼！结果是正确的。无声USP14元可以减少脂肪肝，与图6元的结果相呼应。但是改善这个词用错了方向，包括结果部分的描述。
2
USP14元是一种与泛素化调控相关的蛋白，泛素化可以影响靶蛋白的稳定性。这类蛋白的一个天然机制是找到一个新的底物，这个底物是一个与USP14元结合的蛋白，从而揭示作用机制。
本文采用了一种经济有效的筛选策略。USP14 yuan在Hela细胞中过表达并沉默，细胞样本用于高通量筛选。因为没有现成的脂肪肝细胞模型，机制是在肿瘤细胞Hela中运作的，实验难度很大，成本也很低。
这部分作品模式比较简单粗暴。找一家提供蛋白质组学服务的公司，准备好细胞样本，扔去检测。只要你提供明确的要求，结果就会分析的很好。
图USP14调控蛋白和相互作用组分的定量蛋白质组图谱。
利用定量蛋白质组学和泛素化修饰技术对14元USP14沉默细胞样品进行鉴定，从定量蛋白质组学鉴定到108个下调蛋白和50元上调蛋白，从泛素化修饰鉴定到392个位点，均有显著的泛素化修饰上调。
背景知识
Silac是在细胞培养条件下通过细胞培养中的氨基酸(SILAC)进行的稳定同位素标记。其实验原理是在细胞培养基中加入轻、中或重的稳定同位素标记的必需氨基酸(赖氨酸和精氨酸)，使新合成的蛋白质通过细胞的正常代谢而被稳定同位素标记。将等量的蛋白质混合，酶解后进行质谱分析。比较一级质谱图中同位素峰的面积用于相对定量，肽片段在二级质谱图中测序用于蛋白质鉴定。
响应USP14 KD的改变的蛋白质组和泛素组的功能注释。
继续《密室逃脱：冠军联赛》的筛选结果，然后做路径聚类分析，一次高通量实验输出两个数字。
图4 USP14相互作用蛋白的纯化和潜在USP14底物的鉴定。
在第二次筛选实验中，采用免疫沉淀质谱鉴定USP14元的结合蛋白。将获得的USP14元相互作用蛋白质组与USP14元敲除后表达下调的蛋白质和泛素化修饰后表达上调的蛋白质进行比较，从而锁定FASN(脂肪酸合酶)。
在筛选得到的众多相互作用分子中，只有一个与疾病明确相关，并能验证与Kramp-Karrenbauer co-IP结合关系的分子可以被筛选出来。选择不是唯一的，走一条路就能写出来。
三
期望文章能通过10元分，进入分子相互作用的学习。USP 14元和Kramp-Karrenbauer的FASN组合通过图4的筛选挖掘出来，需要进一步的实验验证，得出图5的结果。
这部分结果是基于分子相互作用演示的数据规范，需要另一个经典实验——拉克兰普-卡伦鲍尔Dwon的支持，也可以为相互作用位点提供后续研究。由于深入的机制细节止步于绑定验证而忽略站点分析，是本文评分难以提升的明显瓶颈。
图5鉴定FASN为USP14的直接靶标。
蛋白质-Kramp-Karrenbauer蛋白质相互作用的最经典的CO Kramp-Karrenbauer IP实验验证了FASN与USP14元的结合。
四
因为两种蛋白质的结合效果没有现场验证，所以为了增加文章的档次，引入新的变量，在下游机制讨论完后加入上游机制是正常的选择。最经典的上游机制是寻找转录因子，从USP14元的启动子预测转录因子，用荧光素酶报告基因实验(荧光素酶)和染色质免疫沉淀(芯片)双重验证，这是标准的套路。
图8 LXR对USP14表达的调节。
转录因子LXR与USP14元启动子相互作用的验证。
总结：USP14元并不是一个特别新颖的分子，其功能侧重于泛素化对下游蛋白的调控，并没有引起人们的重视。但是，通过对两个群体互动的论证，文章清晰地确立了学术门槛。复制这套玩法，核心在于Kramp-karren Bauer-蛋白质相互作用Co Kramp-Karrenbauer IP，Pulldown的实验平台，以及转录因子(蛋白质-Kramp-Karrenbauer -DNA相互作用)的co-IP和荧光素酶say的实验平台。这些技巧都是可以做到的，学习这篇文章也没有障碍。
高通量组学输出大量候选分子并不是文章的难点。真正的困难在于，只有成功验证的分子才能形成一个完整的故事。从筛选到验证，可能一次成功，也可能多次重复，客观风险不容小觑。
在我有生之年，我不可能成为武汉日夜宠爱的宝贝。如果我很享受文章的结果，我只能希望我能学会武术，在武汉做一个能疼爱我宝宝的日日夜夜。你们都互相鼓励吧~
—结束—